Dėl melioracijos ir durpių gavybos per keletą paskutinių XX a. dešimtmečių buvo nusausinta daugiau kaip 70 % visų šalies pelkių. Kai kurios tiesiogiai melioracijos nepaliestos žemapelkės, sumažėjus bendram gruntinių vandenų lygiui, taip pat pastebimai apsausėjo, ėmė keistis jų augalija. Samanų ir žolių sudarytas bendrijas ėmė keisti krūmų ir medžių bendrijos. Natūraliausios augalų bendrijos išlikusios pačiose didžiausiose saugomose (pvz.: Čepkelių, Kamanų, Žuvinto, Smalvų ir kt.) pelkėse. Visose pelkėse, o ypač šarmingose žemapelkėse, telkiasi daug retų ir nykstančių augalų bendrijų, jose įsikuria nemažai saugomų rūšių augalų. Be to, beveik visos pelkių buveinės įtrauktos į Europos Sąjungos buveinių direktyvos saugomų buveinių sąrašą.

Pelkių bendrijos priskiriamos prie 3 klasių ir 26 asociacijų.  Aukštapelkių bendrijos priskiriamos prie aukštapelkinių žolinių kiminynų (Oxycocco-Sphagnetea) klasės. Šios klasės bendrijose (išskiriamos 3 asociacijos), įsikuriančiose aukštapelkių plynėse, vyrauja įvairių rūšių kiminai, o kitų augalų yra palyginti nedaug.

Gerokai didesnė žemapelkinių žemųjų viksvynų (Scheuchzerio-Caricetea) klasės bendrijų įvairovė. Lietuvoje aptinkamos klasės bendrijos skirstomos į 21 asociaciją. Be viksvų ir kitų pelkinių augalų gana svarbią vietą žemapelkių bendrijose užima žaliosios samanos. Dauguma šios klasės bendrijų yra retos arba gana retos, nes, kaip minėta, joms tinkamų buveinių likę nedaug ir nuolat mažėja.

Tarpinę padėtį tarp miškų ir pelkių užima prie aukštapelkių ir tarpinių pelkių raistų bei plynraisčių (Vaccinietea uliginosae) klasės priskiriamos 2 asociacijų bendrijos. Nuo kitų pelkių bendrijų jos skiriasi tankiu medynu ir gana vešlia krūmokšnių (pelkinių gailių, paprastųjų vaivorų) danga.