Lietuvoje smėlynai, išskyrus pajūrio ir didžiųjų upių pakrančių smėlynus, dažniausiai yra antrinės kilmės, t. y. susidarę dėl žmonių ūkinės veiklos iškirstų miškų vietoje. Smėlynų bendrijų įvairovė Lietuvoje gana nedidelė. Visos jos priklauso 2 klasėms: baltųjų kopų (Ammophiletea) bei pilkųjų kopų ir žemyninių smėlynų (Koelerio-Corynephoretea).

Baltųjų kopų bendrijos Lietuvoje įsikūrusios tik Baltijos pajūryje, ant biraus, maisto medžiagų neturtingo, nuolat pustomo smėlio. Visos šalyje aptinkamos šios klasės bendrijos priskiriamos prie vienos – rugiaveidinių smiltlendrynų – asociacijos.

Pilkųjų kopų ir žemyninių smėlynų klasės bendrijos nemažus plotus užima pajūryje – pilkosiose kopose ir palvėje, o žemyninėje šalies dalyje jos mažais lopinėliais išsimėčiusios kariniuose poligonuose, kirtavietėse, pamiškėse, miško aikštelėse, šlaituose. Pajūrio kopose didžiausius plotus užima našlaitinių šepetukynų ir šlamutinių austėjynų, o nuo jūros nutolusiose vietose, ypač pietų ir pietryčių Lietuvoje, – kežinių šepetukynų asociacijos bendrijos.

Dauguma smėlynų buveinių yra vertingos biologinės įvairovės požiūriu ir saugomos. Net 9 tipų Lietuvoje aptinkamos smėlynuose įsikūrusios buveinės, pvz., užuomazginės pustomos kopos, nesusivėrusios žemyninės smiltpievės ir kitos, įrašytos į Europos Sąjungos buveinių direktyvos saugomų buveinių sąrašą. Joms šalyje steigiamos specialiosios saugomos teritorijos. Itin vertingomis buveinėmis laikomos pilkosios kopos, todėl visos turėtų būti saugomos.