Vandens telkinių ir jų pakrančių augalijai būdinga itin didelė bendrijų įvairovė. Jos skirstomos į 8 augalijos klases ir beveik 90 asociacijų.

Prie smulkiųjų pleustofitų (Lemnetea minoris) klasės priskiriamos vandens paviršiuje plūduriuojančių arba vandenyje laisvai plaukančių neįsišaknijančių augalų, tokių kaip plūdenos ir maurės, bendrijos. Labiausiai Lietuvoje paplitusios mažųjų plūdenynų ir trilypių plūdenynų asociacijų bendrijos.

Maurabragūnų skyriaus dumblių sudaromos bendrijos priskiriamos prie maurabragių bendrijų (Charetea fragilis) klasės. Šios klasės bendrijos dažniausiai įsikuria skaidriuose ežeruose iki 2–3 m, kai kurios net iki – 9 m gylyje ir, esant palankioms sąlygoms, užima nemažus plotus. Lietuvoje dabar nustatytos 13 asociacijų ir 1 berangė bendrija. Dauguma bendrijų yra retos arba labai retos.

Lietuvos vandens telkiniuose – ežeruose, upėse, mariose, tvenkiniuose – vyrauja įsišaknijančių ir stambių plūduriuojančių hidrofitų (Potamogetonetea pectinati) klasės bendrijos, kuras sudaro įvairių rūšių plūdės ir kiti vandens augalai (kurklės, lūgnės, plunksnalapės, nertys). Ligi šiol šalyje nustatytos 27 prie šios klasės priskiriamų asociacijų bendrijos. Ežeruose  ir dideliuose tvenkiniuose šios klasės augalų bendrijos išsidėsto tam tikromis juostomis. Labiausiai šalyje paplitusios blizgančiųjų plūdynų, permautalapių plūdynų, šiurpinių plūdynų bendrijos. Tarp šios klasės bendrijų yra nemažai retų, pavyzdžiui: vandeniniai plaumuonynai, pelkiniai vandensargynai, siūliniai plūdynai.

Labai savitą bendrijų grupę sudaro pelkinės skendenių ir samanų (Utricularietea intermedio-minoris) klasės bendrijos, dažniausiai susidarančios neišdžiūvančiuose pelkių duburiuose, žemapelkėse, grioviuose. Ligi šiol šalyje nustatytos 4 šios klasės asociacijų bendrijos.

Jūros sublitoralės (Zosteretea marinae) ir smulkiųjų hidrofitų (Littoreletea uniflorae) klasių bendrijos itin retos, Lietuvoje aptinkami tik nedideli jų fragmentai. Pionierinės, nereguliariai susidarančios drėgnų augimviečių terofitų (Iso?to-Nanojuncetea) klasės bendrijos dažniau aptinkamos didžiųjų upių pakrantėse, kai kurios įsikuria ant nuolat arba laikinai šlapių miško ir lauko keliukų.

Vandens ir sausumos augaliją tarpusavyje susieja stambiųjų helofitų ir viksvų (Phragmitetea australis) klasės bendrijos. Vienos jų susidaro vandens telkinių seklumose ir pakraščiuose, kitos – dažniausiai stambiųjų viksvų – įsikuria pelkių pakraščiuose, pievų balose, šaltiniuotose vietose. Šios klasės bendrijų įvairovė labai didelė. Ligi šiol šalyje aprašytos 32 asociacijų bendrijos. Bene dažniausios yra paprastųjų nendrynų asociacijos bendrijos, susidarančios stovinčio ir tekančio vandens telkinių pakrantėse, sudarydamos įvairaus pločio, pertrauktas ar ištisines juostas. Taip pat dažnos plačialapių švendrynų, vandeninių monažolynų, lieknųjų viksvynų, nendrinių dryžutynų bendrijos.