Dabartinis Baltijos jūros plotas be salų sudaro apie 422 tūkst. 700 km². Nuo piečiausio taško Oderio įlankoje iki šiauriausio Botnijos įlankoje yra apie 1300 km. Iš vakarų į rytus nuo Skageno kyšulio iki Sankt Peterburgo susidaro apie 1070 km. Ši jūra laikoma seklia (vidutinis gylis 48 m, didžiausias 459 m), jos vandens tūris tik apie 20 tūkst. 300 km³. Jūros baseino plotas 1,55 mln. km³. Lietuvai priklauso 94 km kranto ir 7000 km2 akvatorija (apie 1,5 % viso jūros ploto).

Baltija yra palyginti jauna šelfinė Atlanto jūra. Jos pradžia laikomas maždaug prieš 13 tūkst. metų Baltijos dubumoje ledynams tirpstant susiformavęs gėlo vandens ežeras, pavadintas Baltijos ledyniniu ežeru. Jo vandens lygis keletą kartų kilo, susijungdamas su vandenynu ir tapdamas sūria jūra, arba slūgo, vėl tapdamas ežeru. Atskiri raidos etapai vadinami Joldijos jūros, Anciliaus ežero, Litorinos jūros ir Baltikos (arba Limnėjos ir Mijos) stadijomis. Politorininiu laikotarpiu, trukusiu apie 4000 metų, Baltijos jūra, kartu ir Lietuvos krantai, pamažu įgijo dabartinius kontūrus, jūroje įsivyravo dabartinė augalija ir gyvūnija.

Tarp Suomijos ir Švedijos plyti didžiausias Alandų salynas. Jame yra apie 6500 salų ir salelių, iš kurių didžiausia – Alando sala (650 km²). Didžiausia visoje Baltijoje yra Zelandijos sala (7016 km2), įsiterpusi tarp Skandinavijos ir Jutlandijos pusiasalių. Joje įsikūrusi Danijos sostinė Kopenhaga. Centrinėje jūros dalyje didžiausia – Gotlando sala (2860 km²), mažesnės Saremos, Olando, Hiumos, Riugeno, Bornholmo salos.