Pagal maistingumą ežerai skirstomi į oligotrofinius, arba mažamaisčius, mezotrofinius, arba turinčius vidutiniškai maisto medžiagų, eutrofinius, arba daugiamaisčius, ir distrofinius, arba bemaisčius.

Oligotrofiniai ežerai dažniausiai gilūs, jų vanduo šaltas, turi daug deguonies, nedaug biogeninių medžiagų ir druskų, mažai augalų ir gyvūnų. Mezotrofiniai ežerai taip pat gilūs, jų vandenyje daugiau organinių medžiagų, įvairesnė augalija ir gyvūnija. Pagal tinkamumą gyventi žuvims šie ežerai priskiriami prie seliavinių ežerų grupės.

Eutrofiniai ežerai dažniausiai seklūs ir užžėlę vandens augalija. Juose gausu biogeninių medžiagų ir druskų, didžiąją metų dalį deguonies netrūksta, tačiau mažai anglies dioksido, kalcio ir hidrokarbonatų. Pagal čia gyvenančias žuvis gilesni eutrofiniai ežerai vadinami karšiniais, o seklieji – kuojiniais-ešeriniais.

Distrofiniuose ežeruose dėl rūgščios aplinkos organinės medžiagos negali suirti, todėl vandenyje stinga biogeninių junginių ir deguonies. Šio tipo ežerai dar vadinami karosiniais.

Ežeruose augalija ir gyvūnija pasiskirsto zonomis. Litoralė yra pati produktyviausia ežero dalis. Dugne gyvena moliuskai, vabzdžių lervos, kirmėlės, neršia žuvys, maitinasi jų mailius. Einant nuo ežero pakraščio gilyn, litoralėje išskiriamos kelios augalijos juostos: sekliųjų vandenų augalų, nendrių ir meldų juosta, lūgnių ir vandens lelijų juosta, plačialapių plūdžių juosta ir visiškai panirusių augalų juosta. Pagal augalijos juostų pobūdį ežerai skirstomi į fragmentinio, juostinio fragmentinio, juostinio ištisinio ir liūninio užžėlimo tipus. Šie tipai maždaug atitinka mezotrofinį, tarpinį tarp mezotrofinio ir eutrofinio, eutrofinį ir distrofinį tipus. Fragmentinio tipo ežerų visiškai pasinėrusių augalų juostai būdingos povandeninės maurabragūnų bendrijos. Juostinio ištisinio tipo eutrofiniuose ežeruose susidaro plati pakrantės nendrių ir meldų juosta, giliau įsivyrauja plūdės ir vandens paviršiuje plūduriuojantys alavijiniai aštriai. Distrofiniuose ežeruose augalų gali visai nebūti arba auga lūgnės ir vandens lelijos. Ypač saviti maisto ir mineralinių medžiagų nedaug turintys lobelijiniai ežerai, kuriuose aptinkami Lietuvoje rečiausi vandens augalai: ežerinė lobelija, ežerinė slepišerė ir pražangiažiedė plunksnalapė.