Pagal duburių kilmę ežerai skirstomi į keletą grupių. Dauguma Lietuvos ežerų yra ledyninės kilmės, jų duburius suformavo pleistoceno ledynai bei jų tirpsmo vandenys. Lietuvoje vyrauja dubakloniniai, arba rininiai, ežerai. Jiems būdingas siauras, ilgas, vingiuotas duburys stačiais šlaitais. Šiuos ežerus suformavo nuo ledyno pakraščio sruvę vandenys. Dubakloninių ežerų grupei priklauso giliausi Lietuvos ežerai – Tauragnas, Asveja, Sartai, Baltieji ir Juodieji Lakajai. Didžiausi yra patvenktiniai ežerai, telkšantys ledyno išgulėtuose ir galinių morenų patvenktuose duburiuose. Iš tokių galima paminėti Alaušą, Luodį, Vištytį, Platelius. Daugelis ežerų yra ir dubakloniniai, ir patvenktiniai (Drūkšių, Daugų, Galvės). Gana dažni ledo luistų guoliniai, arba termokarstiniai, ežerai, kurių duburiai susidarė ištirpus po nuosėdomis palaidotiems ledyno gabalams (Dusia, Metelys, Obelija). Dideli ir seklūs Rėkyvos, Žuvinto, Amalvo ežerai yra ledyno pakraštyje telkšojusių didelių ežerų liekanos. Dideli jų pakraščių plotai ilgainiui užpelkėjo, o ežerų duburiuose susikaupė daug dumblo.
Trijų tipų ežerai – karstiniai, upiniai (dar vadinami senvaginiais arba salpiniais) ir jūriniai – Lietuvoje susidarė jau poledynmečio laikotarpiu. Karstiniai ežerai ligi šiol gana sparčiai formuojasi šiaurinėje šalies dalyje – Biržų ir Pasvalio rajonuose. Ištirpus negiliai slūgsantiems gipso ir dolomito klodams ir į tuštumas įgriuvus paviršiniam sluoksniui, susidaro smegduobės, kurios neretai prisipildo vandens. Karstiniai ežerai dažniausiai beveik apskriti, stačiais šlaitais, negilūs. Iš viso yra apie 300 karstinių ežerėlių, tačiau jų bendras plotas tik apie 10 ha. Didžiausias iš jų yra Kirkilų ežeras, susidaręs iš keleto susijungusių smegduobių. Sausesniais metais kai kurios jį sudarančios smegduobės tampa atskirais ežerėliais, lietingesniais – vėl susilieja į vieną ežerą.
Upinių ežerų Lietuvoje daugiausia didesniųjų upių – Nemuno, Nevėžio, Merkio – slėniuose. Iš upių senvagių susidarę ežerai seklūs, lenktos formos. Šalyje tokių ežerų daugiau kaip 1330, tačiau dauguma jų mažesni kaip 0,5 ha ploto. Didžiausi senvaginiai ežerai yra Nemuno žemupio salpoje. Tai Merguva ir Žiogys.
Krokų Lanka yra vienintelis jūrinės, arba lagūninės, kilmės ežeras, susidaręs Nemuno suneštoms nuosėdoms atitvėrus dalį Kuršių marių.
Lietuvoje yra ir apie 3400 dirbtinių vandens telkinių. Didelę grupę sudaro patvenktieji ežerai. Prie šios grupės priskiriami tokie gamtinės kilmės ežerai, kurių vandens lygis reguliuojamas hidrotechniniais įrenginiais. Iš jų galima paminėti kai kuriuos didžiuosius ežerus: Drūkšių, Dusios, Platelių, Žuvinto, Simno, Rėkyvos.
Bene daugiausia yra upinės kilmės tvenkinių, susidariusių patvenkus upes. Ypač daug jų buvo įrengta XX a. antrojoje pusėje melioracijos metu, užtvenkiant mažąsias upes. Didžiausias upinis tvenkinys – Kauno marios (6350 ha). Aukštadvario, Antalieptės hidroelektrinių, Elektrėnų šiluminės elektrinės tvenkiniai taip pat susidarė patvenkus upes, tačiau vanduo užliejo ir netoliese tyvuliavusius ežerus.
