Ežerus maitina upės, požemio ir paviršiaus nuotėkio vandenys bei krituliai. Lietuvos ežerai su upėmis sudaro sudėtingą vidaus vandenų tinklą. Pagal pratakumą ežerai skirstomi į pratakiuosius (turi intakų ir ištakų), nuotakiuosius (turi tik ištaką), nenuotakiuosius (turi tik intakų) ir aklinuosius (neturi nei intakų, nei ištakų).

Dauguma didesniųjų Lietuvos ežerų yra pratakieji. Vandens apytaka juose vyksta intensyviausiai, jiems būdingi gana dideli sezoniniai vandens lygio svyravimai, susiję su pavasariniais upių potvyniais. Ežerus maitina upių vandenys, bet kartu šie ežerai reguliuoja ir per juos tekančių upių nuotėkį.

Iš nuotakiųjų ežerų išteka upės. Jie gali būti nuotakūs nuolatos arba tik vandeningaisiais sezonais. Ištakų neturintys nenuotakieji ežerai vandens perteklių išgarina. Daugiausia (apie 1200) Lietuvos ežerų yra aklinieji. Juos maitina gruntiniai vandenys, o vandens perteklius išgaruoja arba išteka požeminiu keliu. Jų vandens lygis per metus beveik nekinta. Prie šios grupės priskiriami nedideli termokarstinės kilmės ežerai, paplitę Pietryčių lygumoje ir Baltijos aukštumų vandenskyrose.