Giliųjų Lietuvos ežerų paviršiuje vasarą susidaro šilto, o priedugnyje – šalto vandens sluoksnis, kurio temperatūra artima didžiausio tankio vandens temperatūrai – maždaug +4 °C. Tarp šių dviejų sluoksnių slūgso trečiasis, kurio vandens temperatūra staigiai mažėja. Toks vandens sluoksnių išsidėstymas vadinamas tiesiogine termine stratifikacija. Žiemą ežeruose įsivyrauja atvirkštinė terminė stratifikacija, kai giliausio sluoksnio temperatūra būna aukščiausia. Pavasarį ir rudenį būna laikotarpis, kai susimaišius vandeniui visame ežere vandens temperatūra suvienodėja. Daugumos Lietuvoje esančių didelių ir seklių ežerų visų vandens sluoksnių temperatūra būna maždaug vienoda.

Gamtinės kilmės ežerai Lietuvoje žiemą užšąla: pirmiausia seklūs, vėliau – ir gilūs. Storiausias ledas (70–80 cm) būna vasario pabaigoje arba kovo pradžioje. Vidutiniškai ledas išsilaiko 118 dienų ir ištirpsta balandžio viduryje. Ežero pavasaris trunka tol, kol jo paviršiuje vanduo įšyla iki +10 °C.