Vandens lygis ežeruose nuolat kinta. Trumpalaikiai vandens lygio svyravimai susiję su oro sąlygomis ir vyksta visuose ežeruose. Sezoniniai vandens lygio pokyčiai susiję su metų laikų kaita ir būdingi pratakiesiems ežerams. Lietuvos, kaip ir kitų vidutinių platumų, ežeruose aukščiausias vandens lygis būna pavasarį, kai prasidėjus polaidžiui patvinsta upės, ir rudenį, kai iškrinta daug kritulių. Daugiamečiai vandens lygio pokyčiai susiję su ilgalaikiais klimato svyravimais, pvz., su lietingesnių ir sausringesnių laikotarpių kaita. Tokio pobūdžio svyravimai ypač būdingi nenuotakiesiems ežerams. Ilgaamžiai vandens lygio svyravimai susiję su geologiniais veiksniais, pvz., ežero duburio kilimu, sąnašų kaupimusi. Didelės įtakos ežerams turi įvairi žmogaus veikla (vandens naudojimas pramonėje ir žemės ūkyje), be to, daugelio ežerų vandens lygis reguliuojamas užtvankomis.

Iš pratakiųjų ežerų didžiausiais sezoniniais vandens lygio svyravimais išsiskiria Sartų ežeras. Vandens lygis jame svyruoja net 2,2 m. Didžiausi daugiamečiai vandens lygio svyravimai užfiksuoti Švento ežere (Zarasų r.). 1975–1976 šio ežero vanduo nuslūgo apie 1,5 m, o krantas atsitraukė kelias dešimtis metrų. Vandens augalais apaugęs dugnas su tik šiame ežere augančia pražangiažiede plunksnalape atsidūrė sausumoje ir ilgainiui apaugo medžiais. Ežere išniro anksčiau nebuvusi sala, kurioje apsigyveno paukščiai, bet vėliau vandens lygis vėl ėmė kilti, ir 1998 salos jau nebeliko.