Dabartinė Lietuvos formuotis pradėjo pleistoceno epochoje, baigiantis paskutiniam – Viurmo – ledynmečiui, maždaug prieš 13 tūkst. m. Vėlyvuoju ledynmečiu buvo du daliniai klimato atšilimai. Pirmasis vadinamas biolingo laikotarpiu. Tada ledynai iš dabartinės Lietuvos teritorijos atsitraukė ir sustojo šiaurinėje nūdienės Latvijos dalyje. Antrasis atšilimas, kai ledynai atsitraukė iki Skandinavijos vidurio, vadinamas alerodo laikotarpiu.
Prieš pirmąjį atšilimą tik pietinėje Lietuvos dalyje, ant kurios nebuvo užslinkęs ledynas, plytėjo . Joje vyravo prie žemės prigludę krūmokšniai driados. Tuo metu plito viksvos, kiečiai, miglinių ir balandinių šeimų augalai. Biolingo laikotarpiu tundrą pakeitė miškatundrės – beržų arba beržų ir pušų retmiškiai. Paskui vėl prasidėjo atšalimas – viduriniojo driaso laikotarpis.
Alerodo laikotarpiu staiga atšilus, tundroje ėmė augti beržynai ir pušynai, kuriuose, manoma, pasitaikydavo ir drebulių. Klimatas buvo sausas, todėl atviruose smėlynuose augo šviesomėgės žolės ir krūmai. Pietvakarių Lietuvoje atsirado šilumamėgių medžių ir krūmų: liepų, guobų, ąžuolų, lazdynų. Klimatui atšilus ir ištirpus amžinajam įšalui, prasidėjo pelkėjimas. Pelkėse paplito žaliosios samanos, kiminai, susidariusiuose ežeruose ėmė augti vandens augalai. Maždaug prieš 11 tūkst. m., vėl staiga atšalus, prasidėjo vėlyvasis driasas. Atšalus sumažėjo miškų, ypač pušų. Vėl ėmė vyrauti žoliniai augalai ir žemaūgiai krūmokšniai.
Maždaug prieš 10 tūkst. m. klimatas iš esmės pasikeitė, prasidėjo ligi šiol trunkanti šilto klimato epocha – holocenas. Pirmuoju šios epochos laikotarpiu, kuris vadinamas preborealiu, ėmė gausėti pušų ir beržų, pradėjo augti alksniai. Dauguma prie šalto klimato prisitaikiusių augalų išnyko arba jų labai sumažėjo. Klimatas buvo palankus ir kitiems labiau šilumą mėgstantiems medžiams, bet per tą laikotarpį jie dar nespėjo išplisti.
Borealio laikotarpis (prasidėjęs maždaug prieš 9000 m.) buvo šiltas ir sausas. Kelis kartus padaugėjo pušynų, juose įsigalėjo lazdynai, atsirado ąžuolų, guobų, o laikotarpiui baigiantis, ėmė augti liepos. Tinkamose buveinėse, pvz., kalvų šlaituose, išplito lieknosios plukės, geltonosios žvaigždūnės, plaukuotieji drugišiai. Ežerų pakrantėse gausiai augo šakotosios ratainytės.
Atlančio laikotarpis (prasidėjęs prieš 8000 m.) buvo šiltas ir drėgnas, todėl išplito ir įsitvirtino plačialapiai medžiai – ąžuolai, liepos, guobos, uosiai, juodalksniai, klevai, pamažu plito skroblai. Klimatas buvo palankus šilumamėgiams augalams. Vieni tuo metu klestėję augalai išnyko (pvz., plūduriuojantieji agarai), kiti dabar yra reti arba labai reti (pvz.: miškiniai eraičinai, svogūninės kartenės, daugiametės blizgės, geltonžiedžiai pelėžirniai).
Subborealio laikotarpio (prasidėjusio maždaug prieš 5000 m.) klimatas buvo šiltas, bet kartais pasausėdavo. Apie trumpus pasausėjimus sprendžiama iš durpių kloduose aptinkamų smarkiai susiskaidžiusių durpių sluoksnelių. Tuo metu ėmė sparčiai plisti eglės.
Atlančio pabaigoje ir subborealio laikotarpiu Vidurio Europos, matyt, ir Lietuvos, augalijos raidai nemažai įtakos turėjo žmonių veikla. Ėmę deginti miškus, jie sudarė sąlygas plisti atvirų ir sausų buveinių augalams. Žinoma, sunku pasakyti, kuriuos dabartinės augalijos ypatumus lėmė klimatas, o kuriuos – žmonių veikla. Šio laikotarpio durpių kloduose jau aptinkama kviečių ir miežių žiedadulkių, pagausėjo miško kirtavietėms ir degvietėms būdingų augalų (viržių, gauromečių) žiedadulkių.
Maždaug prieš 2500 m. prasidėjusiam ir ligi šiol trunkančiam subatlančio laikotarpiui būdingas vėsesnis ir drėgnesnis negu subborealio klimatas. Šiaurinėje Vidurio Europos dalyje, apimančioje ir Lietuvą, labai išplito eglės, susidarė mišrieji miškai. Žmonių apleistuose, nualintuose laukuose pirmiausia augo pušys ir beržai. Šiam laikotarpiui būdingi klimato svyravimai: kaitaliojosi sausesni ir drėgnesni, vėsesni ir šiltesni periodai, tačiau floros įvairovei, susidariusiai nuolat kintančio klimato sąlygomis, šie pokyčiai nebuvo labai svarbūs. Floros ir augalijos raidai vis didesnės įtakos turėjo žmonių veikla – žemdirbystė, gyvulininkystė – ir su ja susijęs miškų kirtimas bei deginimas.
