Kauno Vytauto Didžiojo universiteto botanikos sodasįkurtas 1923 Aukštojoje Fredoje. Sodui paskirtas buvęs Godliauskų dvaro parkas su tvenkiniais ir dalimi Kauno tvirtovės gynybinių statinių – iš viso apie 76 ha sklypas. Botanikos sodo steigimu labiausiai rūpinosi prof. Konstantinas Regelis (Constantin Andreas von Regel, 1890–1970) ir doc. Liudas Vailionis (1886–1939). Regelis tapo pirmuoju šio sodo vadovu. Vienas pirmųjų buvo įkurtas Vaistinių augalų skyrius, kuriuo rūpinosi Kazys Grybauskas (1886–1953).
Per kelerius metus botanikos sodas tapo ne tik biologijos, medicinos ir farmacijos studentų mokomąja baze, bet ir svarbiu botanikos mokslo centru. Sode dirbę mokslininkai nesitenkino vien augalų ir tyrimais. Daug dėmesio buvo skiriama augalų paveldimumo, ligų, , , ir kitiems klausimams nagrinėti.
Botanikos sodo kolekcijos sparčiai plėtėsi. Gyvų augalų buvo įsigyjama iš kitų botanikos sodų, jų sėklų mainais gaunama iš įvairių pasaulio šalių. 1926 botanikos sodo kolekcijose jau buvo 4650 rūšių augalų, 1932 – 5987, 1934 – 7180, 1936 – 7200 rūšių. 1925 pastatytuose dviejuose šiltnamiuose imta auginti atogrąžų augalus, tarp jų ir karališkąją viktoriją, riešutinį lotosą. 1937 pastatyta 12,2 m aukščio palmėms auginti skirta oranžerija su baseinu.
1940 Matematikos-gamtos fakultetą perkėlus į Vilniaus universitetą, botanikos sodo darbuotojai daugiausia dėmesio skyrė vaistinių augalų tyrimams. 1945 botanikos sodas buvo pavaldus Lietuvos mokslų akademijai. Pokario metais Kauno botanikos sodas tapo svarbiausiu Lietuvos dekoratyvinių augalų kaupimo ir mokslinių tyrimų centru. Nuo 1946 iki 1959 sodas priklausė Biologijos institutui, o nuo 1959 iki 1992 buvo Botanikos instituto padalinys. 1992 Kauno botanikos sodas perduotas atkurtam Vytauto Didžiojo universitetui. Dabar šis sodas užima 62 ha plotą.
Botanikos sode yra 3 laboratorijos (Vaistinių augalų, Dendroklimatologijos ir Fitoekologijos), Dekoratyvinių augalų ekspozicijų ir kolekcijų skyrius, biblioteka ir gamybinis komercinis medelynas.
