Miškai turėtų būti mažiausiai pažeistos ekosistemos, tačiau iš tikrųjų Lietuvoje pirmapradžių, niekada nekirstų miškų nėra, labai nedaug sengirių ir brandžių miškų, kuriuose susidaro palankios sąlygos kai kuriems retiesiems miškų augalams augti. Daugumą šalies miškų sudaro intensyviai naudojami ūkinės paskirties, sodinti vienarūšiai .
Iš visų miškuose augančių retųjų augalų bene labiausiai sumažėjo miškinės plikaplaiskės (Neottianthe cucullata) populiacijų skaičius ir gausumas. Lietuvoje ligi šiol išlikę dar gana daug gyvybingų ir nemažus plotus užimančių plačialapės klumpaitės (Cypripedium calceolus) – vieno puošniausių mūsų krašto augalų – populiacijų. Deja, dažnai lankomose vietose žmonės skina jų žiedus arba augalus iškasa ir mėgina auginti gėlynuose. Ši į Europos Sąjungos buveinių direktyvos antrąjį priedą įrašyta rūšis daugelyje Europos šalių jau reta, o kai kuriose net išnyko, todėl dabar stengiamasi atkurti jos populiacijas.
Vėjalandė šilagėlė (Pulsatilla patens) – dar viena į Europos Sąjungos buveinių direktyvos antrąjį priedą įrašyta rūšis – Rytų Lietuvos pušynuose ir jų pakraščiuose dar dažna, bet kai kuriose vietovėse, ypač prie miestų, pastebimai nyksta. Labiausiai šie augalai nyksta dėl to, kad medžiais užsodinamos visos miškų laukymės. Be to, stambius gražius vėjalandžių šilagėlių žiedus ir ne mažiau dailius pūkuotus vaisynus dažnai nuraško žmonės.
