XX a. antrojoje pusėje praūžęs šlapių ir pelkėtų plotų sausinimo vajus gamtai padarė labai daug nepataisomos žalos. Sausinamoji melioracija labiausiai pakenkė žemapelkėms ir tarpinėms pelkėms. Itin mažai liko šarmingųjų žemapelkių, kurioms būdinga didelė rūšių įvairovė. Sunaikinus daugumą šio tipo buveinių, nemažai populiacijos smarkiai sumažėjo. Bene labiausiai nukentėjo aplinkos sąlygų pokyčiams jautrūs gegužraibinių šeimos augalai. Trys Lietuvos pelkėse aptinkamų augalų rūšys – dvilapis purvuolis (Liparis loeselii), pelkinė uolaskėlė (Saxifraga hirculus) ir pelkinė riestūnė (Hamatocaulis vernicosus) – įtrauktos į Europos Sąjungos buveinių direktyvos antrąjį priedą. Šiems augalams išsaugoti kuriamos specialiosios saugomos teritorijos.

Nedaug žemapelkėms ir tarpinėms pelkėms būdingų, ekologiškai plastiškų rūšių prisitaiko prie pokyčių ir kartais įsikuria antrinėse – labai pakeistose arba žmonių sukurtose – buveinėse. Pastebėta, kad tokiose vietose įsikuria ir netgi klesti baltijinės gegūnės (Dactylorhiza longifolia), raudonosios gegūnės (Dactylorhiza incarnata), tačiau tokios populiacijos dažnai būna neilgaamžės.