Lietuvoje nemažai retųjų augalų rūšių sudaro tokios, kurių retumą lemia ne vien žmonių veikla, bet ir tų rūšių biologiniai ypatumai. Bene paslaptingiausia iš jų yra belapė antbarzdė (Epipogium aphyllum). neturinčios, mintančios belapės antbarzdės per kelis šalies floros tyrimo šimtmečius aptiktos vos keliose vietovėse, o dabar nedidelės jų grupelės randamos tik Aukštaitijos nacionaliniame parke. Šios rūšies arealas apima beveik visą Šiaurės pusrutulį, tačiau dėl biologinių ypatumų ji ne tik reta, bet dėl slėpiningo gyvenimo būdo dar rečiau aptinkama.
Kai kurie retai Lietuvoje aptinkami augalai gretimuose kraštuose yra gerokai dažnesni ir gausesni, kartais – netgi dažni. Paprastai tokie augalai pas mus reti dėl to, kad čia jie auga prie ištisinio arba kaip už ištisinio ribos.
Gebenė lipikė (Hedera helix) Lietuvoje auga prie šiaurinio arealo krašto. Miškuose augančios gebenės lipikės dažniausiai driekiasi pažeme, rečiau medžių kamienais įkopia į kelių metrų aukštį, tačiau šaltą . Dabar beržų keružių Lietuvoje aptinkama vos keliose pelkėse. Tik pietrytinėje dalyje paplitęs Europos stepėms būdingas Borbašo gvazdikas (Dianthusborbasii).
Labiausiai pažeidžiamos ir ypatingos apsaugos vertos augalų rūšys, kurios šalyje aptinkamos vos vienoje ar keliose vietose, jų populiacijos nedidelės arba labai mažos. Šių rūšių retumą, matyt, lemia kelios priežastys (biologiniai ypatumai, tinkamų buveinių stygius, žmonių veikla ir kt.). Dabar šalyje žinoma tik po vieną taurinės pudmės (Tofieldia calyculata), kvapiojo plaurečio (Gymnadenia odoratissima), miškinio spyglainio (Polystichum aculeatum) ir kitų rūšių populiaciją.
Sunku tiksliai pasakyti, kelių rūšių augalai Lietuvoje išnyko per keletą paskutiniųjų amžių, nes XVIII–XIX a. tyrėjų duomenys apie kai kuriuos retuosius augalus gana netikslūs gal todėl, kad kai kurie itin reti augalai mūsų šalyje auga nuošaliose vietose ir tyrėjai jų nepastebi. Dėl to tariamai išnykę augalai po kelių dešimtmečių vėl aptinkami tose pačiose ar naujose vietose. Pavyzdžiui, nuo 1955 Lietuvoje nebuvo jokių žinių apie pūslėtąją aldrūnę (Aldrovanda vesiculosa) – į Europos Sąjungos buveinių direktyvos antrąjį priedą įrašytą rūšį, bet 2000 buvo aptikta nauja ir gana gausi jos populiacija. Taip pat šalyje išnykusia buvo laikoma pelkinė raistenė (Hydrocotyle vulgaris). Praėjus daugiau kaip pusei amžiaus nuo paskutinės žinomos šios rūšies populiacijos sunaikinimo, 2004 netikėtai aptikta gana gausi ir gyvybinga jos populiacija. Deja, jau daug metų Lietuvoje nėra jokių duomenų apie dirvinę mažuolę (Aphanes arvensis), arktinę katuogę (Rubus arcticus), Kaufmano glindę (Pedicularis kaufmannii), širdžialapę kaldeziją (Caldesia parnassifolia) ir dar kelių rūšių augalus. Gali būti, kad jie mūsų šalyje jau išnykę.
Kelių rūšių anksčiau globoti, į saugomų rūšių sąrašus įrašyti augalai dabar nebesaugomi. Viena tokių – pajūrio kopose ir smėlynuose išplitusi muilinė guboja (Gypsophila paniculata). Šis augalas buvo įveistas norint sutvirtinti kopas, tačiau ilgainiui labai suvešėjo ir ėmė kelti pavojų kai kuriems vietiniams augalams bei bendrijoms.
