Vandens augalai gerokai jautresni gyvenamosios aplinkos – vandens – pokyčiams. Įvairūs teršalai, patekę į vandenį, pakeičia ne tik jo skaidrumą ir cheminę sudėtį – ilgainiui pasikeičia vandens telkinių ekosistemos. Dėl to daug vandens augalų Lietuvoje yra reti, kai kurie iš jų gana sparčiai nyksta. Labiausiai per keletą paskutinių dešimtmečių sumažėjo vandeninės plaumuonės (Nymphoides peltata) populiacijų skaičius. Kitų rūšių vandens augalai, pavyzdžiui: ežerinė slepišerė (Isoetes lacustris), ežerinė lobelija (Lobelia dortmanna), didysis plukenis (Najas marina), mažoji nertvė (Fontinalis dalecarlica), šiurpinis žvakidumblis (Lychnothamnus barbatus), šalyje reti dėl tinkamų buveinių stygiaus. Daugumai vandens augalų didžiausią pavojų kelia maisto medžiagų pagausėjimas vandenyje ir su tuo susiję ekosistemos pokyčiai.