Upės pradėtos pertvarkyti jau labai seniai. Pirmiausia buvo stengiamasi upes pritaikyti laivybai. Dar XVII a. Nemuno žemupyje Gilijos upė laivybos tikslais paversta kanalu. Nemuno ir Dnepro vandens keliui įrengti 1765–1768 iškastas Oginskio kanalas. Nemuną su Vysla 1824–1839 sujungė Augustavo kanalas. 1824 pradėtas kasti Ventos ir Dubysos kanalas nebuvo baigtas. Konstantinas Tiškevičius, 1857 tyręs Nerį ir jos krantus, taip pat ketino ją pritaikyti laivybai.

1928–1936, siekiant vandeniu aprūpinti Grigiškių popieriaus fabriką, Merkio aukštupio vandenys per Papio ežerą nukreipti į Vokės upę. 1930, norint sumažinti Lėvens potvynius, tarp jo ir Nevėžio iškastas Sanžilės kanalas. 1961–1963 iškastu kanalu Šventosios vandenys nukreipti į Nevėžį. 1959, statant Kauno HE, užtvenktas Nemunas ir atsirado didžiausias Lietuvoje tvenkinys – Kauno marios. Dar labiau upių tinklą pakeitė sausinamoji melioracija, kai buvo iškasta apie 17,4 tūkst. km kanalų, sureguliuota 46 tūkst. km upių vagų, įrengta apie 3400 tvenkinių, iš kurių seklieji labai greitai užaugo makrofitais.

Ši ūkinė veikla labai pakeitė kraštovaizdį, tad buvo susirūpinta, kaip išsaugoti natūralias upes su vaizdingais slėniais ir upių vingiais. Saugomų teritorijų sąraše yra 36 hidrografiniai draustiniai, kuriuose saugomi atskirų upių ruožai su būdingais kraštovaizdžio elementais: rėvomis, vagų vingiais, senvagėmis, salomis, kriokliais ir kt. Dėl tankaus upių tinklo mažai pakeistų upių vagų yra ir kitose saugomose teritorijose: rezervatuose, regioniniuose ir nacionaliniuose parkuose, draustiniuose. Iš viso hidrografiniuose draustiniuose saugoma apie 800 km upių vagų.